本課程主要探究建構「先秦儒學系譜」的視野與方法，省思目前居於主流的「先秦儒學系譜」書寫模式的問題與侷限。大致言之，既有的先秦儒學系譜書寫模式，往往將先秦儒學的發展歷程描述為孔子開創、「孟、荀」分立、戰國晚期、秦漢之際儒者（《學》、《庸》與《易傳》）轉型的三階段論。這般描述，一方面存在「孔、孟之間」前期儒學空缺的問題，一方面存在過度強調「孟、荀二分」作為表述先秦儒學發展的問題。
就前者而言，先秦前期儒學處於晦暗不明狀態，殆由某種史料困境造成。這般的史料困境，隨著近數十年出土文獻陸續面世，以及隨之而來將某些傳世文獻重新歸位為前期儒學文本而稍加紓解，從而帶來填補前期儒學空缺、重建先秦儒學系譜的契機。不過，先秦儒學研究如何有效運用這些出土文獻仍然有待方法論的反思，畢竟目前的出土文獻研究還存在許多不確定因素，而且僅憑出土文獻其實無法直接「填補」原本的思想史空缺，必須在結合傳世文獻、出土文獻的前提下，學者發揮詮釋的創意「織補」出可被接受的思想史構圖。此外，既然目前可資運用的先秦前期儒學文本相對豐富，是否可能連帶鬆動上述三階段論的先秦儒學發展圖式？就後者而言，關於先秦儒學發展的表述，學界一向強調孟、荀的分流對峙，因而或顯或隱都以「孟、荀二分」作為書寫先秦儒學系譜的主要框架。就孟、荀的思想結構言，兩者確實存在若相對立的根本差異，然而這並不意謂先秦儒學到了戰國中、晚期就是沿著孟、荀分流的雙軸線發展。眼前的挑戰因而是：是否可能建立一個跳脫「孟、荀二分」的論述框架、足以反映先秦儒學歷時性發展的系譜模型？
更根本的問題或許在於：既有的先秦儒學系譜書寫模式普遍預設的「心性之學」理論基準，從而關於先秦儒學系譜的建構主要即是闡明儒家的心性、德行觀念以及「心性之學」如何承先啟後的思想發展脈絡。這般透過心性之學的理論基準所呈現的先秦儒學發展圖式，自然有其合理的論據，而且對於理解儒學特質以及儒學發展歷程仍是非常重要的典範。然而值得省思的是：這般書寫模式的視野與方法，主要關注儒者如何傳承先師之學說道統、持續闡發其中隱而未發之思想觀念的「後續」論述，而不是關注儒者如何面對時代新局而以新思維開創全新論述觀點的「起始」論述。近年學者建構先秦儒學系譜主要仍是考察儒家學說觀念的發展脈絡，至於探討儒者如何因應時代新局而提出原創性的論述，則有待進一步探索。